Podczas wojny służył w oddziałach gensrała Andersa. Podczas walk dostał się do niewoli niemieckiej skad uciekł i wrócił do Warszawy. Pracował jako pomocnik murarza, śpiewał w kawiarni na Nowym Świecie w Warszawie, był węglarzem następnie pracował w sklepie fotograficznym Jerzego Peszta na ul. Brackiej. Później prowadził również sklep fotograficzny na ul. Szpitalnej.

W tym czasie fotografował życie okupowanej Warszawy, oraz na zlecenie Armi Krajowej zdjęcia kompromitujące Niemców. Całość materiału spłonęła po uderzeniu bomby w kamienicę w której znajdował się sklep.

Po upadku Powstania Warszawskiego Edward Falkowski wraz z synem, wyjechał do Starachowic, a nastepnie do Czestochowy gdzie ponownie spotyka swoją ciotkę Zofię Chomętowską. Ponieważ Chomętowska była znana jako fotograf, zaproponowali jej zrobienie wystawy "Warszawa oskarża". Zdjęcia wykonała wspólnie z Edwardem Falkowskim. Była to pierwsza w powojennej Polsce wystawa fotograficzna. Wystawa ta była prezentowana w wielu krajach na świecie, Japomi, Anglii, Francji.

W 1946 roku był jednym z inicjatorów powołania Związku Polskich Artystów Fotografików gdzie działał bardzo aktywnie prowadząc do 1953 roku sekcję fotografii turystycznej.

Przez wiele lat aktywnie działal z aparatem fotograficznym w ręku, nie było w Polsce gazety gdzie nie byłoby zdjęć Edwarda Falkowskiego.

Swoje olbrzymie archiwum przekazał w 1989 roku  PTTK. do Muzeum i Archiwum Fotografii Krajoznawczej. Podarował im 50 tysięcy negatywów.